Struktur organisasi Yayasan Saifuddin Zuhri terdiri tiga kamar, yaitu Pembina, Pengawas, dan Pengurus. Berikut susunan organisasi dan masing-masing personalianya:
PEMBINA
Ketua : Lukman Hakim Saifuddin
Anggota : Mohammad Hamzah Carlo Ortega
PENGAWAS
Ketua : Maksum Wijaya Kusuma
Anggota : Reza Hidayat.
PENGURUS
Ketua: Ahmad Baihaqi Saifuddin
Wakil Ketua: Berry Dhalael Saifuddin
Sekretaris: Ali Zawawi
Bendahara: Dara Eriza
Wakil Bendahara: Marti Alifa Fauzia
Bidang Humas & Rumah Tangga :
1. Pasha Arkhan
2. Muhammad Hanif Alman Bimo
Bidang Penggalangan Dana: Rahmat Fajar Trianto
Bidang Sosial :
1. Wahyu Dewanto
2. Diana Hadianti
Bidang Kegiatan :
1. Muhammad Maulana Malik
2. Ario Perbowo Putra.
♣ Dokumen SK Pengurus: sk ketua pembina 2021.