Yayasan Saifuddin Zuhri didirikan pada tahun 1987 berdasarkan Akta Pendirian No. 16 tanggal 1 Januari 1987 dibuat di hadapan Soetomo Ramelan, SH., Notaris di Jakarta. Seiring terbitnya sejumlah regulasi terkait penataan lembaga berbadan hukum yayasan (UU No. 16 Tahun 2001 yang direvisi dengan UU No. 28 Tahun 2004 tentang Yayasan, dan PP No. 63 Tahun 2008 tentang Pelaksanaan UU Yayasan), Yayasan yang namanya diambil dari seorang ulama pejuang kemerdekaan Prof. KH. Saifuddin Zuhri menyesuaikan akta pendirian tersebut dengan akta baru No. 13 tanggal 16 Mei 2007 yang dibuat oleh Notaris Yudo Paripurno di Jakarta. Legalitas baru itu telah mendapat persetujuan dari Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia No. C-2810.HT.01.02 TH. 2007.
Selanjutnya pada tahun 2013 dilakukan perubahan susunan Pembina, Pengurus dan Pengawas yang ditetapkan berdasarkan Akta Notaris Tatyana Indrati Hasjim, SH., No. 17 tanggal 24 Desember 2013, dan telah mendapat pengesahan dari Kementerian Hukum dan HAM No. AHU-AH.01.06-145, tanggal 14 Februari 2014. Pada tahun 2021 di tengah wabah pandemi Covid-19 diadakan Rapat Pembina secara daring dan menyepakati susunan pengurus baru periode 2021 s.d 2026.
Yayasan berkantor di Jakarta Selatan Jl. Daud No. 31 RT 0010 RW 010 Kebayoran Lama Selatan, Kebayoran Lama, Jakarta Selatan, Kode Pos 12240. Kegiatan sehari-hari Yayasan yang menempati bangunan rumah tingkat milik sendiri, ini dikelola oleh Pelaksana Kegiatan yang terdiri atas karyawan tetap dan relawan tidak tetap yang jumlahnya disesuaikan dengan kebutuhan.
Yayasan bergerak dalam bidang sosial, keagamaan dan kemanusiaan. Tujuan didirikannya Yayasan adalah membantu mencerdaskan kehidupan manusia Indonesia dan meningkatkan kesejahteraannya melalui kegiatan pendidikan, pengajaran, pengkajian dan penerbitan untuk mempertebal ketakwaan kepada Allah Subhanahu Wata'ala dalam rangka meningkatkan pengabdian kepada Agama, Bangsa dan Negara. Yayasan telah memiliki jaringan yang luas dan kelompok swadaya masyarakat yang dibentuk sebagai basis binaan dalam rangka menjalankan program. ♠